# Из директории codegraph
pip install -e .

# Или запуск напрямую
python -m src.cli.import_commands [команда] [опции]

codegraph import [опции]

# Импорт из GitHub
codegraph import --repo https://github.com/postgres/postgres --branch REL_17_STABLE

# Импорт локального кода с использованием Docker
codegraph import --path ./myproject --docker

# Импорт с указанием языка
codegraph import --repo https://github.com/org/repo --language python

# Выборочный импорт (только указанные пути)
codegraph import --path ./code --mode selective --include src/core src/api

# Импорт в определённую группу
codegraph import --repo https://github.com/org/repo --group security-team

codegraph projects [подкоманда] [опции]

codegraph projects list [опции]

# Список всех проектов
codegraph projects list

# Список проектов в группе
codegraph projects list --group security-team

# Показать только активные проекты
codegraph projects list --active

codegraph projects activate <имя> [--group <группа>]

codegraph projects delete <имя> [опции]

codegraph projects info <имя> [--group <группа>]

# Клонирование репозитория
codegraph clone --repo <url> [--branch main] [--shallow] [--depth 1] [--output dir]

# Определение языка программирования
codegraph detect --path <путь_к_исходникам>

# Создание CPG (вывод DuckDB напрямую через GoCPG)
codegraph cpg --path <путь_к_исходникам> [--language c] [--output db.duckdb]

# Проверка базы данных CPG
codegraph validate --db <путь_duckdb>

# Список поддерживаемых языков
codegraph languages

codegraph gocpg <подкоманда> [опции]

codegraph gocpg stats [--db ПУТЬ]

codegraph gocpg query "SQL" [--db ПУТЬ]

codegraph gocpg query "SELECT COUNT(*) FROM nodes_method"
codegraph gocpg query "SELECT full_name FROM nodes_method LIMIT 10" --db data/projects/postgres.duckdb

codegraph gocpg frontends

codegraph gocpg metrics [--input ПУТЬ] [--verbose]

codegraph gocpg branches list [--db ПУТЬ]
codegraph gocpg branches switch ИМЯ [--db ПУТЬ]
codegraph gocpg branches prune [--input ПУТЬ] [--db ПУТЬ]

codegraph gocpg hooks install [--repo ПУТЬ] [--db ПУТЬ] [--hooks ТИПЫ] [--lang ЯЗЫК]
codegraph gocpg hooks uninstall [--repo ПУТЬ]
codegraph gocpg hooks status [--repo ПУТЬ]

codegraph gocpg watch --input ПУТЬ [--output ПУТЬ] [--lang ЯЗЫК] [--debounce МС] [--webhook URL]

codegraph gocpg index [--db ПУТЬ]

codegraph gocpg submodules list [--db ПУТЬ]
codegraph gocpg submodules prune [--input ПУТЬ] [--db ПУТЬ]

codegraph patterns <подкоманда> [опции]

codegraph patterns scan [опции]

# Сканирование со всеми правилами
codegraph patterns scan

# Сканирование конкретной базы данных с фильтром серьёзности
codegraph patterns scan --db data/projects/postgres.duckdb --severity warning

# Сканирование конкретным правилом, вывод SARIF
codegraph patterns scan --rule no-unchecked-malloc --format sarif --output findings.sarif

# Инкрементальное сканирование (только изменённые файлы)
codegraph patterns scan --incremental

codegraph patterns search "<паттерн>" --lang ЯЗЫК [опции]

# Поиск непроверенных вызовов malloc в C
codegraph patterns search "malloc($SIZE)" --lang c

# Поиск конкатенации SQL-строк в Python
codegraph patterns search "\"SELECT \" + $VAR" --lang python --max-results 50

codegraph patterns fix [опции]

# Предпросмотр всех исправлений (пробный запуск)
codegraph patterns fix --dry-run

# Применить исправления для конкретного правила
codegraph patterns fix --rule use-safe-string-concat

# Применить исправления из пользовательской директории правил
codegraph patterns fix --rules ./my-rules --dry-run

codegraph patterns list [--db ПУТЬ]

codegraph patterns stats [--db ПУТЬ]

codegraph patterns generate "<описание>" --lang ЯЗЫК [--output ФАЙЛ]

# Сгенерировать правило по описанию
codegraph patterns generate "найти непроверенные вызовы malloc" --lang c

# Сгенерировать и сохранить в файл
codegraph patterns generate "обнаружить SQL-инъекцию через конкатенацию строк" --lang python --output sql_injection.yaml

python -m src.api.cli <команда> [опции]

python -m src.api.cli run [опции]

# Запуск сервера с параметрами по умолчанию
python -m src.api.cli run

# Режим разработки с автоперезагрузкой
python -m src.api.cli run --reload --log-level debug

# Работа в рабочей среде с несколькими рабочими процессами
python -m src.api.cli run --host 0.0.0.0 --port 8000 --workers 4

python -m src.api.cli init-db

python -m src.api.cli migrate [--revision REVISION]

python -m src.api.cli create-admin --username ИМЯ_ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ --password ПАРОЛЬ [--email EMAIL]

python -m src.cli.security_audit <команда> [опции]

security-audit full --path <путь_к_проекту> [опции]

# Полный аудит со всеми форматами
security-audit full --path ./myproject

# Только JSON-вывод
security-audit full --path ./myproject --format json

# Исключение директорий
security-audit full --path ./myproject --exclude-dirs vendor third_party

# Быстрое сканирование по файлам (без CPG) {#quick-scan}
security-audit full --path ./myproject --no-cpg

security-audit quick --path <путь_к_проекту> [--output <файл>]

security-audit settings --path <путь_к_настройкам>

security-audit secrets --path <путь_к_проекту>

python -m src.patch_review.cli [команда] [опции]

patch-review analyze [опции]

# Полный анализ (безопасность + неиспользуемый код)
patch-review analyze --db data/projects/postgres.duckdb

# Только безопасность, критическая серьёзность
patch-review analyze --type security --severity critical

# Конкретные шаблоны
patch-review analyze --patterns SQL_INJECTION,BUFFER_OVERFLOW,DEAD_CODE

patch-review diff [файл] [опции]

# Просмотр файла diff {#diff-review}
patch-review diff changes.diff

# Чтение из stdin
git diff | patch-review diff -

# С анализом неиспользуемого кода
patch-review diff changes.diff --dead-code

patch-review github <номер_pr> [опции]

patch-review github 123 --owner myorg --repo myrepo --token $GITHUB_TOKEN --post-review

patch-review gitlab <mr_iid> [опции]

python examples/demo_benchmark.py

python examples/demo_patch_review.py [--db data/projects/postgres.duckdb]

python tests/benchmark/run_benchmark.py [ОПЦИИ]

codegraph edit <подкоманда> [опции]

codegraph edit find --target <имя> [опции]

# Найти функцию
codegraph edit find --target heap_insert

# Найти в конкретном файле
codegraph edit find --target process_query --file src/executor/executor.c

# Найти класс
codegraph edit find --target UserService --type class

codegraph edit apply --file <файл> --target <цель> --new-code <код> [опции]

# Применить встроенный код
codegraph edit apply --file src/utils.py --target validate_input --new-code "def validate_input(data): return data.strip()"

# Применить из файла
codegraph edit apply --file src/utils.py --target validate_input --new-code @new_function.py

# Предпросмотр изменений
codegraph edit apply --file src/utils.py --target validate_input --new-code @fix.py --preview

codegraph edit rename --old <имя> --new <имя> [опции]

# Переименовать функцию
codegraph edit rename --old processData --new process_data

# Переименовать в пределах области
codegraph edit rename --old handler --new request_handler --scope src/api/

# Показать историю редактирований
codegraph edit history

# Отменить последнее редактирование
codegraph edit undo

# Отменить конкретное редактирование по ID
codegraph edit undo --id edit_abc123

codegraph optimize <подкоманда> [опции]

codegraph optimize analyze <путь> [опции]

# Анализ директории
codegraph optimize analyze src/

# Анализ с фокусом на производительность
codegraph optimize analyze src/core/ --performance

# Безопасность + читаемость
codegraph optimize analyze src/api/ --security --readability

# Список всех предложений
codegraph optimize list

# Показать детали конкретного предложения
codegraph optimize show --id <suggestion_id>

# Утвердить предложение
codegraph optimize approve --id <suggestion_id>

# Отклонить с причиной
codegraph optimize reject --id <suggestion_id> --reason "Не применимо к нашему случаю"

# Применить все утверждённые предложения
codegraph optimize apply

# Отменить последнюю применённую оптимизацию
codegraph optimize undo

codegraph standards <подкоманда> [опции]

# Импортировать документ стандартов
codegraph standards import <document.yaml>

# Валидировать синтаксис документа
codegraph standards validate <document.yaml>

# Список всех импортированных правил
codegraph standards list

# Список по категории
codegraph standards list --category security

codegraph standards check <путь> [опции]

# Проверить директорию
codegraph standards check src/

# Только ошибки
codegraph standards check src/ --severity error

# Только правила безопасности
codegraph standards check src/ --category security

# Сгенерировать отчёт о нарушениях
codegraph standards report src/ --output violations.json

# Очистить все импортированные правила
codegraph standards clear

codegraph deps <подкоманда> [опции]

codegraph deps scan [опции]

# Сканировать текущий проект
codegraph deps scan

# Сканировать указанный путь с dev-зависимостями
codegraph deps scan --project ./myapp --include-dev

codegraph deps audit [опции]

# Полный аудит
codegraph deps audit

# Только критические и высокие
codegraph deps audit --severity critical,high

# Режим CI/CD (ошибка при high)
codegraph deps audit --fail-on high

# Проверить устаревшие пакеты
codegraph deps outdated

# Только прямые зависимости
codegraph deps outdated --direct-only

# Проверить все лицензии
codegraph deps licenses

# Проверить по списку разрешённых
codegraph deps licenses --allowed MIT,Apache-2.0,BSD-3-Clause

# Ошибка при GPL
codegraph deps licenses --fail-on GPL-3.0

# Сгенерировать CycloneDX SBOM
codegraph deps sbom --format cyclonedx --output sbom.json

# Сгенерировать SPDX с уязвимостями
codegraph deps sbom --format spdx --output sbom.spdx --include-vulnerabilities

# Показать дерево зависимостей
codegraph deps tree

# Показать почему пакет установлен
codegraph deps why <package>

# Экспортировать граф
codegraph deps graph --format dot --output deps.dot

codegraph composition <подкоманда> [опции]

codegraph composition run "<запрос>" [опции]

# Запуск с оркестратором S18
codegraph composition run "Оптимизировать модуль аутентификации" -o s18

# Запуск с оркестратором S19 и дополнительными сценариями
codegraph composition run "Проверить по company_standards.yaml" -o s19 -s s08

# Композиция нескольких сценариев
codegraph composition run "Полный аудит безопасности" -o s18 -s s02 -s s08

codegraph composition apply <finding_id> -s <session_id> [опции]

# Проверить конфликты между находками
codegraph composition conflicts -s <session_id>

# Показать конфигурацию композиции
codegraph composition config

# Список доступных сценариев-оркестраторов
codegraph composition scenarios

name: Анализ безопасности
on: [push, pull_request]

jobs:
  security:
    runs-on: ubuntu-latest
    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - name: Настройка Python
        uses: actions/setup-python@v5
        with:
          python-version: '3.11'

      - name: Установка зависимостей
        run: pip install -e .

      - name: Аудит безопасности
        run: |
          security-audit full --path . --format sarif --output ./reports

      - name: Загрузка SARIF
        uses: github/codeql-action/upload-sarif@v3
        with:
          sarif_file: reports/security_audit_*.sarif

      - name: Проверка изменений
        if: github.event_name == 'pull_request'
        run: |
          patch-review analyze --type security --severity high --output json > analysis.json
          exit_code=$?
          if [ $exit_code -eq 2 ]; then
            echo "Обнаружены критические уязвимости!"
            exit 1
          fi

stages:
  - security

security_scan:
  stage: security
  script:
    - pip install -e .
    - security-audit full --path . --format json --output ./reports
    - patch-review analyze --type security --severity critical
  artifacts:
    reports:
      sast: reports/security_audit_*.json
  allow_failure: false

# Проверьте, существует ли база данных и доступна ли для чтения
ls -la data/projects/postgres.duckdb

# Попробуйте с указанием полного пути
patch-review analyze --db /полный/путь/до/data/projects/postgres.duckdb

# Проверьте с подробным логированием
patch-review analyze --verbose

# Понизьте порог серьёзности
patch-review analyze --severity all

# Проверьте статистику GoCPG
codegraph gocpg stats

# Убедитесь, что бинарный файл GoCPG доступен
codegraph gocpg frontends

# Проверьте поддерживаемые языки
codegraph languages

# Попробуйте с использованием Docker
codegraph import --path ./code --docker

# Проверьте статус заданий импорта
codegraph jobs --status failed

python -m src.cli.generate_docs <команда> [опции]

python -m src.cli.generate_docs full [опции]

# Сгенерировать полную документацию на английском
python -m src.cli.generate_docs full --output ./docs/generated

# Сгенерировать на русском, без ChromaDB
python -m src.cli.generate_docs full --language ru --no-chromadb

# Сгенерировать только определённые разделы
python -m src.cli.generate_docs full --sections mvd_doc coverage_doc diagram_doc

python -m src.cli.generate_docs section <имя> [--language en|ru]

python -m src.cli.generate_docs index --path <директория> [--language en|ru]

python -m src.cli.generate_docs stats

# Проверка безопасности относительно последних 5 коммитов
python -m src.cli exec --prompt "Review security" --base-ref HEAD~5

# Указать конкретную базу данных
python -m src.cli exec --prompt "Review security" --db data/projects/postgres.duckdb --base-ref origin/main

# Генерация всех выходных файлов
python -m src.cli exec --prompt "Review security" \
    --base-ref HEAD~5 \
    --output-file results.json \
    --sarif-file security.sarif \
    --comment-file pr_comment.md

{
  "findings": [
    {
      "finding_id": "f1",
      "pattern_id": "sql_injection",
      "severity": "critical",
      "method_name": "exec_query",
      "filename": "db.c",
      "line_number": 42,
      "description": "Potential SQL injection via unvalidated input"
    }
  ],
  "critical_count": 1,
  "high_count": 0,
  "medium_count": 0,
  "low_count": 0,
  "changed_methods": ["exec_query", "parse_input"],
  "total_findings": 1,
  "new_findings": 1,
  "fixed_findings": 0,
  "existing_findings": 0
}

security-review:
  runs-on: ubuntu-latest
  steps:
    - uses: actions/checkout@v4
      with:
        fetch-depth: 0
    - name: Run security review
      run: |
        python -m src.cli exec --prompt "Review security" \
          --base-ref origin/main \
          --sarif-file security.sarif \
          --comment-file pr_comment.md
    - name: Upload SARIF
      uses: github/codeql-action/upload-sarif@v3
      with:
        sarif_file: security.sarif
    - name: Post PR comment
      if: github.event_name == 'pull_request'
      run: gh pr comment ${{ github.event.number }} --body-file pr_comment.md

security-review:
  stage: test
  script:
    - python -m src.cli exec --prompt "Review security"
        --base-ref origin/$CI_MERGE_REQUEST_TARGET_BRANCH_NAME
        --sarif-file security.sarif
        --comment-file pr_comment.md
        --output-file results.json
    - |
      CRITICAL=$(python -c "import json; print(json.load(open('results.json'))['critical_count'])")
      if [ "$CRITICAL" -gt 0 ]; then
        echo "Обнаружены критические уязвимости!"
        exit 1
      fi
  artifacts:
    paths:
      - security.sarif
      - pr_comment.md
    reports:
      sast: security.sarif

# Аудит с автоисправлениями
python -m src.cli audit --db data/projects/postgres.duckdb --autofix

# JSON-вывод для CI
python -m src.cli audit --db data/projects/postgres.duckdb --autofix --format json

autofix:
  enabled: true
  context_lines_before: 5
  context_lines_after: 5
  llm_max_confidence: 0.6
  llm_temperature: 0.1
  llm_max_tokens: 2048
  max_fixes_per_run: 10
  require_approval: true

POST /api/v1/security/autofix

codegraph_autofix(method_name="exec_query", cwe="CWE-89")